De Hortus Botanicus is oorspronkelijk een medicinale kruidentuin, gebruikt door artsen en apothekers. Al in 1618 werd bij de Amsterdamse vroedschap een verzoek tot oprichting van een ‘Hortus Medicus’ ingediend, maar dit verzoek werd pas op 12 november 1638 ingewilligd. De eerste Hortus lag op het terrein van het Reguliersklooster, op het kruispunt van de Utrechtsestraat en de Keizersgracht, maar werd als gevolg van stadsuitbreidingen meerdere malen verplaatst. In 1682 werd een driehoekig stuk grond in gebruik genomen in de Plantage, dit is de huidige locatie van de Hortus. Initiatiefnemer was koopman en botanicus Jan Commelin (1629-1692), rijk geworden door de handel in kruiden en drogerijen. Hij verzorgde verschillende botanische uitgaven, waaronder de Nederlandse Flora, gepubliceerd in 1683. Dankzij de handel met diverse landen breidde de Hortus zich in de zeventiende en achttiende eeuw snel uit. Schepen van de VOC brachten niet alleen kruiden en specerijen mee, maar ook exotische sierplanten. Enkele ‘kroonjuwelen’ van de Hortus stammen uit deze periode, zoals de 300 jaar oude Oostkaapse broodboom. Ook bijzonder is de reusachtige waterlelie Victoria Amazonica.