Tijdens de Alteratie werd het katholieke stadsbestuur van Amsterdam afgezet. Katholieke kerken werden ingenomen voor de protestantse eredienst, geestelijken werden de stad uit gejaagd. Voormalige kloosters kregen in sommige gevallen een hele andere, maatschappelijke bestemming. Katholieke burgers mochten hun geloof voortaan niet meer in het openbaar belijden. De publieke vereringen maakten plaats voor stille omgangsrituelen. Enkel de gereformeerde kerk was toegestaan. In eerste instantie werd hier streng op toegezien. Er werd hard opgetreden tegen andere geloofsuitingen, met name het katholicisme. In de loop van de zeventiende eeuw werd de overheid steeds pragmatischer en werden schuilkerken, zoals Museum Ons’ Lieve Heer op Solder aan de Oudezijds Voorburgwal, oogluikend toegestaan.